برزیل به مربیگری جدید آیموری (Aymore Moreira) موریرا و 9 بازیکنی که در دوره ی قبل نیز حضور داشتند، در اولین بازی خود مکزیک را 2-0 با گل های پله (Pele) و زاگالو(Zagallo) شکست دادند. آن ها که در مرحله ی اول با چک اسلواکی روبه رو شده و به تساوی دست یافته بودند باری دیگر در فینال با  گل های آماریلدو (Amarildo) جایگزین شماره 10 برزیل یعنی پله، زیتو(Zito) که بعد ها به عنوان مربی در سال 1970 به قهرمانی رسید و واوا (Vava) 3-1 چک اسلواکی را شکست داد تا اقتدارانه برای بار دوم به قهرمانی برسند.  پله ستاره ی تیم ملی برزیل در این رقابت ها مصدوم شد و از ادامه راه باز ماند ولی به جای او گارینشای (Garrincha) 25 ساله که یکی از روزنامه های فرانسوی به او لقب پرنده ی کوچک را داده بود ، اجازه نداد که کمبود پله در تیم دیده شود و برزیلی ها توانستند بیشترین گل زده را در بین تیم های ملی این دوره از جام جهانی داشته باشند. داستان این دوره به این جا ختم نمی شود،  در این رقابت ها برای اولین بار آرایش تیمی 4-3-3 در زمین دیده شد و هم چنین بازی پر هیجانی بین میزبان شیلی با ایتالیا که به " جنگ سانتیاگو" معروف است از دیگر حاشیه های این رقابت ها بود.

در حالی که آثار زلزله ی 1960 شیلی هم چنان بر پا بود ولی در رقابت با همسایه اش آرژانتین  توانست جواز میزبانی جام جهانی را کسب کند. سانتیاگو، وینا دل مار، رانکاگوئا و آریکا چهار استادیومی بودند که بازی های جام جهانی در آن ها در آن انجام گرفت. ورزشگاه تازه ساخت سانتیاگو در مرحله ی اول بازی ها میزبان یکی از زشت ترین بازی های تاریخ این رقابت ها بود.
ماریو دیوید (Mario David) به خاطر ضربه به گردن لیونل سانچز (Leonel Sanchez) و جورجیو فرینی (Giorgio) دو بازیکن از تیم ملی ایتالیا کارت قرمز گرفتند. لیونل قبل تر نیز بینی اومبرتو ماسکیو(Umberto Maschio) را شکسته بود. " احمق ترین، هولناک ترین، نفرت انگیزترین و شرم آورترین بازی فوتبال" لقبی بود که بی بی سی به این بازی داد.

بعد از بازی پر هیجان کلمبیا و شوروی در دور اول بازی ها که  با تساوی 4-4 به پایان رسید. اسپانیا با پاس پوسکاس (Puskas) به آدلاردو رودریگز (Adelardo Rodriguez) در نیمه اول اولین گل بازی را به ثمر رساند ولی با دو گل آماریلدو برزیلی که دومین گلش را چهار دقیقه ی پایانی نیمه ی اول به ثمر رساند در مجموع با نتیجه ی 2-1 شکست خورد و از راه یابی به دور بعد باز ماند.
در این دوره برای اولین بار بین دو تیم دوم و سوم از یک گروه در مرحله ی اول که امتیازهای یکسانی دارند بازی حذفی انجام نگرفت از این رو انگلیس به خاطر تفاضل گل بیشتر از آرژانتین پیشی گرفت ولی در یک چهارم نهایی 3-1 از برزیل شکست خورد.
سپس برزیل در نیمه نهایی میزبان را در جلوی چشم 80 هزار تماشاگر با دو گل گارینشا و دو گل از واوا 4-2 شکست داد. در دیگر بازی نیمه نهایی چک اسلواکی 3-1 یوگسلاوی را درهم شکست. شیلی که در یک چهارم نهایی با ناباوری شوروی را  2-1 از پیش رو برداشت با پیروزی 1-0 مقابل یوگسلاوی به مقام سوم جهان رسید.

چک اسلواکی که پس از 28 سل دوباره به فینال راه یافته بود توانست با اولین گل جوزف ماساپوست (Josef Masopust) در دقیقه ی 15 بازی که در آخر این سال نیز برنده ی توپ طلا نیز شد پیش تاز بازی شود. اما این شادی دیری نپایید تا این که دو دقیقه بعد دروازه بان این تیم شیروف (Schroif) نتوانست ضربه ی آماریلدو را بگیرد.
واوا و گارینشای برزیلی به همرا چهار بازیکن دیگر سانچز (Sanchez) (شیلی)، فلورین آلبرت (Florian Albert) (مجارستان)، والنتین ایوانوف (Valentin Ivanov) (شوروی)، دراژن یرکوویچ (Drazen Jerkovic) (یوگسلاوی) هر 6 نفر با 4 گل زده در این رقابت ها برنده ی کفش طلای آن سال شدند.
به دنبال 2 جام جهانی که در قاره ی اروپا انجام گرفت این بار دوباره قرعه به آمریکای جنوبی رسید. در دوره ی مقدماتی کمتر از 100 بازی برای انتخاب تنها 14 تیم انجام گرفت.
دو تیمی که مستقیما بدون انجام بازی مقدماتی راه یافتند میزبان یعنی شیلی و قهرمان دوره ی گذشته برزیل بود. آرژانتین، اروگوئه و کلمبیا به ترتیب با شکست اکوادور، بولیوی و پرو در دو بازی رفت و برگشت جواز حضور را بدست آوردند.
از قاره ی اروپا انگلیس فقط از بریتانیا انتخاب شد، اسکاتلند در حالی که خیلی نزدیک شده بود ولی در بازی حذفی مقابل چک اسلواکی بازی را واگزار کرد. سوئد نایب قهرمان دوره ی پیشین نیز در چالشی تنگاتنگ با سوییس حذف شد. شوروی، آلمان غربی  و ایتالیا خود را به این دوره رساندند. فرانسه که در 1958 به مقام سوم رسیده بود در گروه خود از بولیوی شکست و موجب شد که از راه یابی به این دوره باز بماند.
از قاره ی آفریقا و آسیا هیچ تیمی انتخاب نشد. بهترین تیم ها مراکش و کره ی جنوبی بودند که در بازی حذفی به ترتیب از اسپانیا و یوگسلاوی شکست خوردند. از آمریکای شمالی و مرکزی مکزیک با وجود آن که اولین بازیش مقابل کاستاریکا را واگزار کرده بود به این رقابت ها راه یافت.